医療法人必読！ＭＳ法人を成功に導く極意を完全解剖した特別レポート、無料進呈！
「資金繰りの安定化」「柔軟に税負担を軽減」「医業経営の効率化と強化」
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税理士の提案で設立したＭＳ法人だったが

25年前に開業した外科・内科クリニックの理事長Ｋ氏。
個人事業として始めたクリニックは、診療実績を着実に積み上げ、17年前には法人化を果たしました。事業は順調に成長し、現在の年商は2.5億円、個人所得も約5,000万円という安定した経営を実現。SNSを活用して患者数をさらに増やし、新たな医師の雇用を計画するなど、未来への展望も明るいものでした。

そんな折、顧問税理士からこんな提案を受けます。
「現状のままでは、いくら業績が良くても課税により資金が貯まらない。資金繰りや節税対策のためにＭＳ法人を設立してはどうか？」 ＭＳ法人を活用すれば、医療法人の業務の一部を委託することで資金繰りが安定し、さらに医療法人では行えない決算対策も可能になります。他の医療法人でも活用例が増えていると聞き、Ｋ氏は妻を代表に据えたＭＳ法人を設立。その運営は顧問税理士に一任しました。

税務調査で「行為計算否認」を指摘される事態に

ＭＳ法人設立後、Ｋ氏のクリニックは引き続き好調な業績を維持し、資金繰りも安定。ところが、突然の税務調査により事態は一変します。 「行為計算の否認」指摘され、追徴課税を受ける結果となったのです。

税務調査前、顧問税理士との事前打ち合わせでは「問題ない」と聞かされていたＫ氏。しかし、結果は想定外。困惑するＫ氏から弊社に相談が寄せられました。

ＭＳ法人を取り巻く税制改正と留意点

弊社コンサルタントは、以下のような事実をお伝えしました。
「近年、ＭＳ法人の運営に関するルールが厳しくなっています。
税務調査で否認されたのは、まさに税制改正が原因でしょう。」
顧問税理士から税制改正についての説明を受けていなかったＫ氏は、目から鱗が落ちる思いだったそうです。

例えば、平成24年の厚生労働省通知では、医療法人の役員が営利法人（ＭＳ法人）の役職員を兼務することが原則禁止されています。 ただし、取引が少額で医療法人の非営利性に影響しない場合のみ例外として認められます。また、平成28年の医療法改正では、ＭＳ法人との取引に関する報告義務が課されるなど、経営の透明性が求められるようになりました。



ＭＳ法人が実態のない業務委託や不適切な利益移転を行っているとみなされた場合「行為計算否認」が適用され、追徴課税の対象となるリスクが高まっています。
経済的合理性や業務内容の実態を証明する準備が求められます。

健全なＭＳ法人運営のために

1. 契約書の精査
「総務経理事務代行」といった曖昧な記載はリスクが高いため、面倒でも委託する業務を明記します。また、単に「経営指導」というのではなく、こちらも細かく書く必要があります。
例：「患者満足度向上コンサルティング」「受付対応力アップ研修」など。


2. 報酬の経済的合理性
「同族内での利益操作」とみなされないよう、業務委託料の根拠を第三者基準で明確にする必要があります。

3. 運営実態の明確化
契約書通りの業務が実施されている証拠を残すことが不可欠です。

Ｋ氏の決断とクリニックの未来

弊社のサポートを受け、Ｋ氏はＭＳ法人の運営を全面的に見直しました。その結果、現在ではＭＳ法人がクリニック経営に欠かせない存在となり、安定した医業経営を支える重要な柱として機能しています。

「正しい運用」がＭＳ法人の価値を最大限に引き出す鍵です。
Ｋ氏の事例から学び、ぜひ貴院の経営にお役立てください。